Commencée en 1960, lors de l'ouverture de l'église au culte, la construction de l'orgue s'est prolongée jusqu'en 1964 et a donné lieu à près de vingt mille heures de travail. La  fabrication de cet instrument fut confiée à Raymond Bouvet, facteur d'orgues installé sur la paroisse depuis les années 30. Il fut secondé par son gendre et successeur Jean Renaud, qui depuis, en assure l'entretien.
            Le clavier de Positif fut posé dès 1960. L'orgue comprend actuellement 56 jeux, répartis sur trois claviers de 61 notes et d'un pédalier de 32 notes. Actuellement, le 4 ^me clavier d'écho de dix jeux reste muet en attente de financement. Il avait été prévu dès la construction de l'orgue.

       Les transmissions des notes et des jeux sont à tractions électro-pneumatiques. Si les tuyaux de façade sont en zinc électrolytique, les tuyaux intérieurs sont en étain ou en bois selon la sonorité désirée. Presque la totalité des tuyaux (plus de quatre mille trois cents), se situent derrière les façades de l'instrument. Les buffets d'orgue en chêne massif, ont été conçus selon le mobilier et la menuiserie de l'édifice, comme les confessionnaux, les portes, les stalles.
            L'harmonisation des jeux a été traitée dans un esprit néo-classique, avec un certain nombre de jeux romantiques, ce qui permet de jouer tout un éventail de musique : anciennes, romantiques et contemporaines. L'acoustique réverbérante de l'église vide, se trouve gommée à partir de 3 à 400 fidèles. Venant à Nantes en seconde position, après la cathédrale, l'importance de l'Orgue est nécessaire en raison du volume de l'église et de l'assistance nombreuse et régulière aux offices. Le tuyau le plus long mesure 7 mètres et a 25 cm de diamètre; et le plus court 1 cm de long avec 5 mm de diamètre.

  L'inauguration eut lieu en mars 1965, par Georges Robert, organiste à Notre Dame de Versailles. De nombreux artistes sont venus ensuite faire entendre, avec leur personnalité propre, les merveilleuses sonorités de l'instrument. On peut citer tout d'abord le premier titulaire, Louis Lecorre, qui assura son service avec talents, pendant plus de trente ans, Marie Claire Alain, Pierre Cochereau, Gaston Litaize, Michel Chapuis, Jean Langlais, Jean Guilloux, André Fleury, Daniel Roth, André Isoir, Félix Moreau ……
        L'orgue, en France, est très connu pour ses concerts, mais sa fonction première reste l'accompagnement des offices religieux.

Index :

Manufacture d'orgues : L'art de construire cet instrument.
Facteur d'orgues : La personne qui exerce ce métier.
Organiste : La personne qui joue de l'orgue.